Если вдруг кто будет гуглить и попадёт в эту тему, то вот ещё один способ.
У моего хостера прошла такая схема:
Зашёл сам по адресу http://example.org/admin/config/search/clean-urls и включил чистые ссылки.
Никаких манипуляции с htaccess не помогали.

Можешь поделиться .htaccess? Не могу на чисто d 7.35 включить чистые ссылки

Почти похожая проблема. Ссылки domain.com/blog domain.com/contact работают, но тест чистых ссылок не проходится. И ссылки в меню автоматически меняются на ?q=blog и ?q=contact.
mod_rewrite естественно включён.
Джумла на этом же хостинге отлично работает с чистыми ссылками.
Куда глядеть? Как включить ЧПУ?
drupal 7.35

В settings.php прописал $conf['clean_url']=1;
.htaccess из дефолтной сборки, RewriteBase / раскоментировал
Не знаю, куда дальше копать.

Присоединяюсь!