В факе (http://www.sweb.ru/faq?action=cat&id=41) написано следующее:

"В связи со спецификой настройки серверов правила переадресации надо составлять так:

RewriteRule ^(.*)$ http://sweb.ru/index.php [L]

То есть особенность в том что в части замены должен присутствовать хост."

Изменил в стандартном друпаловском .htaccess
RewriteRule ^(.*)$ index.php?q=$1 [L,QSA]
на
RewriteRule ^(.*)$ http://host.ru/index.php?q=$1 [L,QSA]

Однако, когда хочу включить чистые урл в настройках, он ругается:
It appears your host is not configured correctly for Clean URLs. Please check for ModRewrite support with your administrator.