Почитал я все комментарии, коллеги, ничего нового не узнал, но понял, что размышляю верно, так же как и вы.
Решил проверить все модули по одному, и на шаге обновления модуля References с версии 2.2 до версии 2.4 все и сломалось.
В итоге, при простом откате модуля References на версию 2.2, — все чинится безусловно.
К сожалению, сейчас нет времени искать проблему подробнее, проверять 2.3 версию и писать багрепорты, поэтому оставил такую вот сырую информацию.
Однако, я надеюсь, что если у кого-то случится подобная проблема — то наше решение ему поможет.