Если ещё до сих пор не решил
Во-первых, попробуй зайти на сайт как будто все работает, т.е. по адресу http://www.domain.com/admin/settings
Если все нормально, то просто добавь в конце файла sites/default/settings.php строчку $conf['clean_url'] = 1; и забей на это сообщение.