Что я только не делал, отключал все модули, удалял все синонимы, но решить проблему так и не смог.
Благо, что сайт в разработке и находится на поддомене, сменил поддомен и о чудо, все работает.

Вот только так и осталось непонятным, что стало причиной такого глюка, если кто разберется буду очень благодарен.

Я понимаю, что это глюк какой-то, надежда только на то, что кто-то сталкивался с подобной проблемой и сумел ее решить.

global redirect стоит.
Тут http://www.drupal.ru/node/34456 говорится о 3-х возможных причинах:
1 сайт находится в режиме обслуживания (у меня в нормальном режиме)
2 в меню конфигурация стоит галочка на Английском языке (убрал не помогло)
3 в списке синонимов, в поле язык установить Русский. (не помогло)

При отключенном global redirect проблема остается.

Массовое обновление не помогло, все синонимы работают кроме этого

Синонимы разделов и подразделов прописаны вручную, только у материалов генерируются.