Пункты меню открываются и на старом и на новом домене, при этом сайт может неожиданно в новом домене открыть вкладку из под старого домена, файлы (документы, картинки) имеют абсолютные ссылки, можно как-то в настройках переделать всё на относительные, автоматическим способом?

Да, действительно сайт открывается. Теперь это выглядит так два домена используют единую папку сайта и единую базу данных, скоро старый домен отключат. Могут ли возникнуть какие-то проблемы в работе такого сайта?

всегда очищаю

Вы имеете ввиду раздел внешний вид? Я там просматриваю включенные темы. Но там врятли бы я что-то увидел администраторская панель перестаёт отображаться после неудачного обновления.

Тема лежит в папке sites/all/themes. Обновляю как обычно: перевожу сайт в режим обслуживания, затем всё удаляю кроме папке sites, htaccess и robots, и вместо удаленных файлов и папок добавляю новые файлы ядра, затем на сайте ввожу команду update и всё.

zero point

Слетает значит её нет. Тема сайта, сайт открывается и ссылки в нём располагаются на белом фоне, даже панели администратора нет.

так у меня выключена двухфакторная аутентификация.

Попробовал сделать на гугл почту, так же ошибка.

Зашел в httpd-error.log там ничего