В настройках Commerce со всех модулей сняты галки в том числе и Cart и Commerce. Получается они все не активны. Значит как то по другому? Не могу сказать точно.

Вот в этом и загвоздка. Товар активен, но не отображается в рубриках. Заходишь в него, чтобы редактировать. Ничего не меняя нажимаешь "Сохранить" и он начинает отображаться на сайте. А если делаешь неактивным он не отображается в рубрике, но при этом на самой странице товара меняется цвет фона и шрифта на белый.