Permissions были выставлены правильно, меню - тоже. Выделенное в цитате понимать лучше не стоит, я же говорю, я вчера чуть мозг не сломал... сам сейчас не понял выделенное.

В чем причина я так и не понял. Ни гости, ни зарегистрированные пользователи не могли просмотреть ничего из содержания сайта, кроме списка форумов, формы обратной связи и... да, собственно говоря, все. Даже вместо домашней страницы, отображалась стандартная друпаловская домашняя страница, которая отображается сразу после установки.

Ну у меня еще по SSH доступ есть, так что проблема решилась очень просто:

1. Создал субдомен.
2. Удали автоматически созданную папку на сервере.
3. Создал symbolic link с тем же именем, указывающий на public_html

Drupal отлично работает с двумя сайтами.