Не совсем понятно какие блоки и куда поехали. Хорошо бы конкретно сказать блок такой-то поехал туда-то.

Сейчас вижу, что в ИЕ в левой колонке все содержимое уходит влево, и часть букв обрезается. За это отвечают /themes/danger/style.css
Неплохо было бы включить "чистые ссылки", но это уже на ваш вкус.

В афоризмах вроде есть содержимое, но показывается только список страниц, самого контента нет. Т.е. Делаем так http://bez-berega.ru/?q=aforizmi/3 получаем " Страница не найдена По вопросам обращаться "

У каталога files должены быть установлены права для чтения и для записи, т.е. 0777.
Возможно стоят какие -то ограничения на размер сохраняемых файлов или тип сохраняемого файла.
А что бы не гадать -проще всего заглянуть в логи сайта. Посмотрите какие ошибки пишуться в логах при сохранении файла.

У вас в настройках pathauto - раздел "Обновление" какой пункт отмечен???

1) Do nothing. Leave the old alias intact.
2)Create a new alias. Leave the existing alias functioning
3)Create a new alias. Delete the old alias.

Если знаешь инструмент, а тем более, если хочется :), то почему бы и нет.. Быстро и легко сделал и все. А если сайт будет дальше расширяться, то не надо замарачиваться с проблемой переноса информации.