Нужно зайти:
Администрирование->Структура->Схема блоков
Нажимаем кнопку Настройка у блока Основная навигация.
Далее УРОВНИ МЕНЮ->Максимальное количество уровней меню для отображения-> выбрать Неограниченно.
Всё заработает.

Это было для основного меню. Для других меню соответственно нужно настраивать их блоки.