Не очень вас понял. Это мне какой-то совет или просто мысль по теме?

Дополню.
Расхождения между таблицей миграций в админке и в результатах команды drush migrate-status

Сергей, и их там немало. Пагинация та же. Но такого не было, так что пока в ступоре.

В отчетах несколько модулей требуют обновления, логи более-менее чистые. Остальное тоже не помогло.