Вообще, обычно на нормальных хостинг компаний достаточно указать путь новому домену до нужной папки.
Ну или наоборот (отвязать папку с сайтом от домена)

AirHead wrote:

Дело не в замене. Для того. чтобы можно было использовать htaccess на сайте, его надо в панеле хостинга синхронизировать, после этого можно вносить изменения в файле какие угодно и все будет работать. Но если сайт новый, то только первичная синхронизация.

Ужас!!! Что за хостинг? Такого я еще не встречал.