Смотря что входит в обработку. Если слияние нескольких разных прайс-листов то бери программу http://inetshop.in.ua/

Если товар один и тот же, а просто немного изменилось название, то нет смысла создавать новую карточку и ждать ее переиндексацию ПС, тем более если на нее уже есть ссылочное. Надо пробовать обновлять товары по уникальным ключам. Правда появляются проблемы если один и тот же товар у нескольких поставщиков и надо делать сводный прайс или выбирать поставщика с лучшей ценой.

«Решил следующим способом: добавленное поле "Заголовок (title)" - сделал уникальным, теперь при загрузки одного и того же csv с одним и тем же товаром, но с измененными ценами у товара, происходит обновление цен у этих товаров»
А если нужно будет поменять и название товаров, что тогда делать?