Выдавало аналогичную ошибку, но было это при обновлении базы данных после обновления модулей. Решил проблему следующим способом, заменил строку на сервере в php.ini max_execution_time = 600 , в файле .htaccess добавил запись php_value max_execution_time 6000
php_value memory_limit 128M. И если у вас обновления требует сразу много модулей, то обновляйте не больше 3-4.