В template.php функция MYTHEME_html_head_alter(&$head_elements) должна вызываться только один раз. То есть если она в этом файле уже есть, просто добавьте в ее тело строку
unset($head_elements['metatag_generator']);
а повторно эту функцию вызывать не надо!
И все прекрасно заработает без всяких модулей и чисток кэша.