Файлы показаны в медиа - браузере (модуль Media). См. рис.

При попытке удалить файл выдает: «Файл сейчас используется и не может быть удален.»

Где они используются?

Все это в независимости от того включен или нет модуль Media Gallery. Пробовал удалять Media Gallery.
Удалял и включал Media. Список файлов все равно остается.