> Короткие URL
Есть

> Статические страницы
А кто мешает делать ссылки на любые страницы?
Другое дело, что это эклектично и не очень красиво. Лучшим вариантом было бы написать модуль для drupal, который бы сам парсил базы и делал свой вывод.

> Закрытые разделы, разграничение полномочий.
В drupal api встроен механизм для организации разгариничения прав. Но реализуются они дополнительными модулями, такими как taxonomy-access, og (organic groups), node-privacy.

> Сложность управления
Тут все скорее зависит от разработчика. Все меню, блоки и прочая легко настраиваются, надо просто оставить пользователю минимальный необходимый набор "кнопок". Имхо сложнее приучить пользователей к информационно-структурному мышлению, хотя, как раз библиотекари и должны по роду профессии быть в этом деле "впереди планеты всей".

> Защита от дурака.
А как же без нее? Просто, админ должен аккуратно выставить права. Все для этого есть.

> Документы и статьи в формате Word и PDF.
Если речь идет просто о прикрепленный файлах, то тут все просто.
Если же нужно, чтобы эти документы парсились, нужны соответствующие утилиты в системе. Модуль, который парсит pdf и word, проскакивал где-то на drupal.org, но подробнее и в каком он состоянии - не знаю.

> дополнительные модули
Drupal обладает очень хорошей и простой модульной системой. Единственный недостаток - отсутствие документации по api "для чайников", но это скорее потому, что разобраться проще, просматривая другие модули, комментарии и документацию к функциям.
Drupal написан на php, так что использование perl тут будет явно не к месту.

ЗЫ: некоторые считают, что как раз излишне "библиотечно-ориентированная" идеология drupal - это его недостаток

У меня стоит аналогичная задача. Пока остановился на DRUPAL.

Поддержка ISS и MSSQL в drupal в последнее время ухудшилась, проблемы обязательно будут, особенно с дополнительными модулями. Конечно, все рашаемо, стоит попробовать поставить и оценить масштаб проблем, поискать на drupal.org, насколько там с этим делом все запущено.
Если не ошибаюсь, фишки типа htaccess и, соответственно, короткие url на M$ вроде не поддерживаются?

Для массового переименования целых разделов, а не просто отдельных ссылок надо уже радактировать .htaccess, задача вполне тривиальная, но уже не для юзера.

Насчет интеграции в drupal всего уже готового хозяйства: трудно оценить, не зная, что там. Скрещивать что-либо всегда дело неблагодарное. Насколько трудно хотя бы перехватить вывод у этих программ и передать его друпалу, не трогая их логики? Инклудить-то наверняка можно, но это ж будет помойка.

Mambo имхо не заточена под работу со сложными структурами, если уж смотреть альтернативы, то plone, но это уже следующая весовая категория.