Нормальный хостинг это да.

А зачем ненужные модули включать?

Если модуль не нужен его отключают. Может он понадобится в будущем, тогда снова можно включить. И данные модуля хранящиеся в таблицах БД, должны (к сож. не всегда) встать куда надо, как и до отключения. А с удаленным модулем такого не выйдет.

Так что вроде бы отключенные модули всего лишь делают лишний размер БД. Не думаю что это сильно влияет на производительность.