Вот ссылка с решенной аналогичной проблемой http://www.drupal.ru/node/42320
Но что автор проделал я не понял.
Оказалось все дело было в разделенных таблицах url_alias домена и поддомена. Объединил и все заработало))
Задача такова:
Все внутренние ссылки не должы иметь в урле : nade, taxonomy.
Для этого был поставлен pathauto.
Сейчас все ссылки имеют свой алиас в этом я уверен.
В некоторых вбювсах ссылки отображаются как:
mysite.com/node/123 или mysite.com/taxonomy/term/123
вместо:
mysite.com/content/... или mysite.com/category/...
Спасибо за любую помощь.