Оффтоп: Куда лучше счетчик засунуть ?
Сразу вспоминается старый анекдот про поручика Ржевского... Сорри.

Вариант с размещением кода счетчиков в блоках - более гибкий и, на мой взгляд, более правильный. Но если, скажем, ставить счетчик из двух частей (одна считает хит, вторая выводит кнопку статсервера), то удобнее править page.tpl.php, чтобы первую часть поставить как можно "выше", в начале страницы.

Баннеры (если их много и надо вести учет) можно размещать с помощью соответствующего модуля.