Может кому-то окажется полезным...

Для удобства клиента пришлось прикрутить модуль TinyMCE Node Picker 6.x-2.1, который вытянул за собой query_update, после чего отвалился lightbox2: абсолютно все ссылки на сайте стали открываться в модальном окне.

Решение нашлось на d.org. Пропатченные js-файлы прикреплены.