Недавно на drupal.org появился небольшой модуль Clean Taxonomy, удаляющий из базы термины, которые не привязаны ни к одной опубликованной ноде (пустые термины). Единственная версия 1.x-dev у меня не заработала, и я переписал модуль, чтобы он функционировал и удалял только термины, которые не привязаны ни к одной ноде, независимо от статуса; + добавил вывод списка удаленных терминов.
Автор на issues не реагирует, поэтому выложу переписанный модуль здесь. Использовать на работающих сайтах без предварительного тестирования и бэкапа не рекомендуется