Панелс удобны когда вы часто экспериментируете с блоками - этот вывели, другой спрятали, и нет времени темизировать профиль.
Если вы уже знаете какие блоки и где будут находиться - темизация имхо полезнее, потому что не грузит систему лишним модулем.
Правда есть минус - если захотите добавить еще 1 блок - придется "вручную" редактировать код, копировать-заливать и т.д.