Некоторое время потратил на отлов псевдоглюка - вывод одного из полей CCK в кастомном шаблоне не реагировал на фильтры. Если подробнее, то в настройках фильтра стояли line breaks, но при этом вывод шёл без автозамены на br и p. Проблема оказалась в том, что в шаблоне (вариации node.tpl.php) я выводил поле просто как:

<?php echo $node->field_body[$i]["value"]; ?>

и совсем забыл про наложение настроек фильтрации:

<?php echo check_markup($node->field_body[$i]["value"]); ?>

Дополнение по теме. Так же необходимо проверить следующие настройки для работы фильтров: в свойствах поля CCK в радиокнопках Text processing должно стоять Filtered text (user selects input format), а так же line break нужно активировать (если ещё не активирован) в свойствах нужного вам формата в Input Formats.