Совсем запутался с модулем Category. Насколько я понял после установки этого модуля можно включить такую фичу как "обертка". Эта обертка подменяет старый модуль taxonomy и в этом случае остальные модули думают, что работают с taxonomy, а на самом деле работают с Category. Сделал все так, затем экспортировал словари и термины через legacy. В итоге у меня исчезла карта сайта (модуль site_map), которая раньше прекрасно показывала структуру сайта основываясь на taxonomy. Причем в админке категорий все они присутствуют и соответствие материалов категориям осталось.