А существует ли модуль файл-менеджера (именно файл-, а не IMCE), у которого для каждого пользователя - своя директория.
Пробовал WebFM, всё удобно, но общие директории создаются для группы, а во-вторых, нельзя пользователя ограничить в правах, но разрешить ему создавать поддириктории.

Или может быть можно как-то использовать IMCE для управления файлами (для отображения древовидной структуры директорий, управления файлами - типа создать поддиректорию, скопировать) ?

По идее, тут общее с друпалом - только отображение файловой структуры в нужной теме оформления и авторизация пользователей.