для начала - глянуть логи вебсервера и посмотреть на чем падает? нет?

Весту стоит снести - это ужасная панель, глючная и дырявая by design.
Вместо phpmyadmin, гораздо лучше использовать любой GUI mysql клиент через ssh туннель, или консольный mysql клиент, в зависимости от задачи.

А исследование проблемы стоит начать с логов веб сервера, как выше и посоветовали, потому, что по описанию проблемы невозможно дать никакое решение.