Установил модуль drupal commerce. Создал в нем свой тип товара у которого есть поле Изображение товара. Раньше при заполнение/удалении файлов через это поле в таблице file_usage не оставалось записей. Собственно, я случайно это заметил. Когда модуль FileField Sources, при удалении файла картинки, стал ругаться что файл занят другим модулем. Сначала думал что это FileField Sources не удаляет если через него действовать. Однако если редактировать аналогичное поле у термина таксономии (как стандартным загрузчиком так и FileField Sources), то в таблице не остается записи что файл используется. Если редактировать поле у товара (обоими способами), то запись остается (в обоих случаях). Следовательно это что-то с подмодулем drupal commerce->commerce_product. Вот где и как это исправить не знаю. Есть идея переустановить весь drupal commerce. Но тогда удалятся все созданные товары и сам тип товара со всеми его настройками. Или есть способ избежать потери товаров и настроек commerc'а?

Догадка№2
Проблема может быть еще в Entity API, если для удаления записи из БД на использование файла, модуль commerce_product использует api сущностей, а таксаномия что-то другое.

P.S. Стоят последние обновления ядра и всех модулей.