Если ссылок еще не много, то можно попробовать модуль gotwo + настроить фильтры и привести ссылки к нужному формату. Есть так же патчи к gotwo - посмотрите, вдруг поможет.

Если же уже много ссылок, то значит нужен модуль который будет парсить содержание сайта, т.е. искать и заменять ссылки.