> Как правильно добавить ссылку на магазин в верхнее меню?
При создании материала типа страница указать "главное меню"
> И как разбить товары по категориям?
- Создать словарь - "Каталог" в нем категории товара через термины
- В тип материала "товар" добавить поле entity reference на словарь "Каталог"
- При создании материала товар заполнить поле каталог
- профит

https://docs.drupalcommerce.org/commerce2/user-guide

Для продукта необходимо добавить поле типа Ссылка - Термин таксономии.
При посещении страницы термина таксономии по умолчанию отображаются Материалы (сущности типа Содержимое (Content), то есть ноды).

Для отображения сущности типа Товар (Product) на странице Термина таксономии удобен модуль TVI (Taxonomy Views Integrator). Этот модуль позволяет настроить для нужного Словаря Такосономии способ отображения. Так можно использовать Представление по товарам (создайте такое представление по товарам, в котором используйте контекстный фильтр), чтобы на странице термина таксономии отображались товары, а не материалы, как по умолчанию в ядре Друпал 8.

Другой способ - фасетный поиск - описан тут https://docs.drupalcommerce.org/commerce2/developer-guide/catalogs/creat...

Материалов товар в Commerce 2 нет. Товары в Drupal 8 Commerce 2 - это сущности типа Товар.

Ссылка на магазин - ссылка на Представление по товарам. Вы можете добавить поле "На главной", чтобы в Прдставлении по товарам отображать только товары "На главной" или отбражать их сначала