А зачем?

Можно и нужно. Например через git, но это не модуль.

При правильном развёртывании пользователь/группа от которой запущен php не должны иметь прав записи вне sites/*/files и временной папки, просто из соображений безопасности, а в этих папках должна быть запрещена обработка скриптов...

Именно поэтому сделан такой костыль с использованием ftp для обновления. И как мне кажется, лучше вообще бы отсутствовала возможность обновления из админки - для этого есть куда более разумные методы.

Собственно, если вам надо менять что-то так, то вы, вероятнее всего, что-то делаете очень не правильно, и задача, вероятно, имеет более рациональное решение. Так что лучше написать, зачем вообще это вам надо, и вероятно, вам подскажут, как такая задача решается без записи куда не следует.

Конечно есть, - используйте ssh!