Если речь о своём модуле - настройку интервала надо сделать в его админке, и проверять время c последнего запуска, это правильно - частота запуска заданий модуля логически относится к модулю, а не абстрактному крону... Ну и тянуть лишние модули не самая хорошая мысль.

А вот, если надо изменить поведение стороннего модуля, который так не умеет, то да, можно пользоваться ultimate_cron, например. И, заодно, сделать feature request автору модуля чтобы настройка была реализована, раз такая необходимость, всё же возникает.