Шаред хостинг законченная услуга - вы оплачиваете весь комплекс, и администрирование и ресурсы. Причём за счёт массовости и стандартизации окружения, администрирование имеет довольно небольшую долю в этой цене.
Арендуя VPS вы оплачиваете только ресурсы, и сравнивая по цене VPS с шаред хостингом, вам надо к его цене прибавить стоимость администрирования, как начальной установки, так и последующего обслуживания, при чём администрирование тут уже имеет куда больший процент окончательной цене. И тут становится понятно, что только кажется, что VPS дешевле.

На самом деле, VPS нужен, обычно, для небольших проектов с нестандартными требованиями к окружению, которые не получить на шаред хостинге. Например, если вам нужен какой-нибудь key-value или sphinx, у вас уже и нет особого выбора - приходится за это платить...

Когда же проект создаёт действительно большую нагрузку, и вас совсем не хотят видеть на шаред хостинге, то, обычно, вы уже влезаете по ресурсам в выделенный сервер, хотя бы начального уровня, и VPS с такими ресурсами дороже сравнимого выделенного сервера, часто в разы а за администрирование платить столько же. Т.е. и тут VPS совсем не лучший вариант.

Хотя может случиться, что VPS в облаке с оплатой только за потребляемые ресурсы будет и выгоднее, при условии редких больших пиков нагрузки, и небольшой нагрузке в остальное время - но это довольно редкий случай в реальности.