потому что в base_theme куча переопределний стандарных элементов для соответствия стандартам bootstrap.

например, в друпале по умолчанию, form-submit = input. в bootstra, button

Я использую bootstrap, для экономии времени.
- есть grid, зная его можно делать сразу мобильную тему
- гармоничное сочетание размера шрифта для разных элементов.
- навигационная плашка, что умеет прикреплятся к верху страницы и автоматически поддерживает мобильные девайсы.

А в случае с друпал темой:
- стилизация многих специфических для друпала элементов ( форм, таблиц, инпутов, фиелсетов)

Правда в последней версии для д7 столкнулся с косяками:
- не адекватно работает с тул бар
- если использовать как админ тему, настройки фиелдов не работают

а я до сих пор не умею пользоваться bootstrap