Ищи в template.php какой-нибудь препроцесс, который unset'ит твою $vars['scripts']. Если не найдешь, то просто в _preprocess_page добавь строчку $vars['scripts'] = drupal_get_js();

Обнови кеш, если хук _preprocess_page у тебя был закомменчен. Не может быть чтобы $vars['scripts'] = drupal_get_js() не помог (в твоей ситуации). Перепроверяй на опечатки - может ты в _preprocess_page указываешь параметр $variables, а внутри функции пишешь $vars['scripts'], ну и т.д. В общем, внимательно всё проверяй, дело именно в теме и именно в template.php

Не понял, что значит "при любом шаблоне". При другой теме (которая в админке) я так понял что всё работает, соответственно это может быть только текущая тема сайта.

ого, действительно всё серьезно.
Есть вероятность, что это может быть из-за какого-то кривого модуля. В 7ке вообще появились хуки переопределения скриптов, да и тупо через хук _init можно такого понаделать порой.. Попробуй отключить ваааще все модули кроме ядра.
Ну а если проблема останется.. Насколько сайт большой? Поставь чистое ядро, и по одному шагу добавляй элементы со старого сайта - сначала тему оформления - сразу проверь, выводится ли $scripts; потом включи все не-самописные модули, проверь $scripts; потом свои модули - $scripts; если до сих пор $scripts выводится - переноси уже типы материалов и вьюсины, опять чек $scripts; ну а дальше там уже просто материалы перенести и по мелочи, считай у тебя уже новый здоровый сайт с выводящейся $scripts.
Это стандартная логика работы "довести до рабочего состояния с урезанным функционалом и вернуться до момента, когда перестанет работать" - но он просто оч. долгий, к сожалению. Но в твоем случае похоже это последний оставшийся вариант.