Зависит от того как выводится баннер.
Если через блоки, то - admin/build/block/list (для D6), admin/structure/block (для D7). Если через код выводится, то смотреть в файле page.tpl.php. Еще может через views выводится. Но если элементарного найти не можете, то про вьюху даже писать не буду.