filefield не возможно не привязать к ноде. с imce - никак

Только из-за этого не использую подобные модули. При большой активности на сайте, директория с файлами через некоторое время превращается в помойку.

Как вариант, можно с помощью LIKE вытащить из базы урлы всех файлов, которые присутствуют в нодах, комментариях, профилях и т.д., а потом удалить не используемые файлы.

По сабжу ничего умного сказать не могу, но чтобы картинки были только привязанные к нодам, можно использовать модуль insert. И если нода будет удалена - картинки будут удалены вместе с ней.

Единственная проблема - научить пользователей использовать этот модуль. Да и подковырнуть его не мешало бы.