в настройке пользователей есть галка, которая позволяет требовать от пользователя активации аккаунта по е-мэйлу. Но при этом система сама генерирует пароль.

т.е. вот что там написано:
"Если данный флажок установлен, то перед входом на сайт, новым пользователям необходимо будет пройти проверку правильности указанного E-mail и им будет назначен сгенерированный системой пароль. Если флажок не установлен, пользователи могут осуществить вход сразу после регистрации и могут устанавливать свой собственный пароль во время регистрации."

А как быть если нужна активация по е-майлу, но при этом совсем не хочется, чтобы пароль генерировался системой, и очень хочется, чтобы пароль юзер вводил сам?