Можно, на работе системы удаление никак не скажется. Только если вы в рабочем settings.php накосячите с настройками, то дефолтный файл поможет их восстановить.

А я почему-то не могу удалить?! TCM не дает могу удалить все файлы кроме этих 2х? И Как вообще правильно удалять друпал с сайта?

Меняем права на файлы и удаляем...

эмм, как ни странно, меняю на 777 и всё равно не удаляется. Я не понимаю в чем фишка

помогло выставление прав 777 на папку их содержащую.