Поначалу не мог настроить FCKeditor на работу в мультисайтинговой связке. То есть он работал, но на всех сайтах при использовании встроенного менеджера загрузок загружал файлы только в одну указанную (в файле config.php) директорию. Мне же нужно было реализовать возможность быстрой загрузки файлов на разные поддомены. Так легче ориентироваться при большом количестве файлов.
Проблема решилась так.
В файле config.php в строке 30 изменяем значение $Config['Enabled'] = false ; на "true";
затем в строке 39 вместо $Config['UserFilesAbsolutePath'] = '' ; прописываем $Config['UserFilesAbsolutePath'] = $_SERVER[DOCUMENT_ROOT] . $Config['UserFilesPath'] ;
и последнее: в строке 40 пишем require_once "../../../../../filemanager.config.php";.
Всё, теперь FCKeditor цепляет настройки, указанные вами при конфигурировании редактора в разделе Управление > Настройки сайта > FCKeditor.
Надеюсь кому-нибудь пригодиться.