проверил:

сделал ноду принадлежащую к одному словарю но к разным терминам

в одном термине есть еще ноды, в другом- нет

Итог: Из меню при удалении удалились оба термина.

другие ноды которые были в термине - остались, но перехожу к ним только по привязке, т.е. - нода принадлжит к другим терминам, при отображении НЕ удаленной ноды внизу естественно выводится термины таксономии к которым данная нода еще относится, в том чиле и те термины, которые удалились из меню, причем если на них щелкнуть (на удаленные) можно на этот термин перейти.

P.S В словаре термины остались (через настройти таксономии проверил).
Через админ настройку блока меню проверил - термины исчезли.

что за глюк

В опциях Taxonomy menu стоят галочки:

ДА Syncronise changes to this vocabulary
ДА Display Number of Nodes
НЕТ Hide Empty Terms
ДА Item for Vocabulary
Да Auto Expand Menu Item
ДА Display Descendants
ДА Use 'all' at the end of URL
НЕТ Select to rebuild the menu on submit.

Если выбарть ДА в Select to rebuild the menu on submit. - то термин возвращается в меню на главной странице и в админке, НО слетает иерархия словаря, указанного в меню в админке.

неужели каждый раз смотреть чего там сотни юзеров наудаляли, чтобы каждый раз потом щелкать
Select to rebuild the menu on submit.

У меня порядка 15 словарей выводится на главной странице в качестве меню, при этом в каждом терминов минимум 15, в одном вообще под 100.

это же жесть проверять и щелкать - умереть можно