Drupal 6 в 95% случаев лучше

По потребностям! Определитесь сначала с функционалом и модулями, а там смотрите.

Например, для меня этот выбор по наличию нужных для того, или иного сайта модулей.

Если есть определенный модуль для пятерки, а для шестерки его нет, то ставлю пятерку, или наооборот.

Но, если Вы умеете переписывать модули, или, если есть возможность сделать это другим разработчиком по Вашей просьбе, то, однозначно, шестерка.

Зависит от того насколько вы разбираетесь в друпал, и насколько глубоко вы хотите его понимать.

Если вы впервые работаете с друпалом, и вы разработчик, я по своему опыту даю вам совет

Берите пятерку.
Причины:
1. Много готового кода который можно проанализировать и понять скользкие моменты.
2. Много русской документации в том числе и книг описывающих как программирование под друпал так и ЧТО ОЧЕНЬ ВАЖНО темизацию. (с 6 кой в этом проблемы)
3. Как только вы начнете понимать как разработчик что Вам от друпала нужно и что сделать возможно, вы поймете что большая часть функционала 6 ки легко портируется в 5ку. Либо наоборот.

Все это для тех кто хочет понимать логику работы ядра и работать в рамках этой логики.

Как только вникните сразу поймете что использование views cck и прочих монстров созданных для НЕ ПРОГРАММИСТОВ Вам как разработчику ненужно.

по-моему, единственная причина не ставить 6-ку -- отсутствие или нестабильность под неё нужных модулей. мы сами работаем на 6-ке.