1. А хук то такой есть внутри тела этой функции?
Внутри тела хука нет, сама функция ниже. Если он должен, то как должен выглядеть ?

(тут, на сайте сейчас не работает вставка кода )
sites\all\modules\site_map\site_map.theme.inc
function theme_site_map_menu_item($link, $has_children, $menu = '', $in_active_trail = FALSE, $extra_class = NULL) {

Самый главный вопрос:

Почему sites\default\themes\моя_тема\template.php Не работает функция моя_тема_site_map_menu_item

хотя она определена в sites\all\modules\site_map\site_map.theme.inc так theme_site_map_menu_item

небольшое уточнение. Под защитой от копирования имею ввиду, что в созданном файле pdf нельзя выделить текст и скопировать, а так же распечатать.