Устанавливаем нужные пакеты
sudo apt-get install mysql-server mysql-client php5-mysql
Правим конфиг чтобы уменьшить потребление памяти
Находим раздел про InnoDB, и добавляем
skip-innodb
Перезапускаем mysql
если не получится, то попробовать надо так
sudo service mysql restart
Потребление памяти уменьшилось, благодаря тому, что запущено теперь меньше процессов mysql
Перезапускаем php fpm т.к. мы поставили php5-mysql, который пока не работает
sudo /etc/init.d/php5-fpm restart