Хочу поделиться, сделал правильное отображение алиасов в модуле sitemap созданных pathauto.

Модуль:

1.) pathauto-5.x-2.3
2.) site_map-5.x-1.2

в файле site_map.module

заменить эту строку

503 $output .= l($term->name, taxonomy_term_path($term), array('title' => $term->description));

на эту

$taxonomy_node_alias_path = drupal_get_path_alias('taxonomy/term/'. $term->tid);
$output .= l($term->name, "$taxonomy_node_alias_path", array('title' => $term->description));

и зменить эту строку

515 $output .= ' '. theme('site_map_feed_icon', url("taxonomy/term/$term->tid/$rss_depth/feed"));

на эту

$taxonomy_feed_alias_path = drupal_get_path_alias('taxonomy/term/'. $term->tid);
$output .= ' '. theme('site_map_feed_icon', url("$taxonomy_feed_alias_path/feed"));

Пишите отзывы буду рад, я с друпалом работаю всего месяц и всего не знаю