Так работает мускул. Не очень понятно зачем Вам обнулять, но можно загнать термин, а потом в phpmyadmin изменить id на 1 вручную или через запрос. Просмотреть таблицы и поправить если нужно: taxonomy_term_data, taxonomy_term_hierarchy, taxonomy_vocabulary, taxonomy_index.