Вопрос решен.
Сначала делаем выборку текста.
Затем замена части текста функцией str_replace
Далее обновляем БД, выглядит так:

<?php
$text = db_query('SELECT body_value FROM {field_data_body} WHERE entity_id = :id', array(':id' => 288)) ->fetchField();
$changetext = str_replace("что меняем", "на что меняем", "$text");

db_update('field_data_body')
->fields(array('body_value' => $changetext))
->condition('entity_id', 288)
->execute();
?>