Если Друпал действительно такая продвинутая и серьезная CMS, и
тем более имеет уже версию 6.х, то логично предположить, что
где-то кто-то уже сделал нормальный модуль, позволяющий управлять системой
из многих сайтов, используя одну инсталляцию сценариев и
давая возможность делать общими или раздельными базы
данных для сайтов без редактирования конфиг- и других файлов.
Потому как в случае, например, переноса на другой хостинг с его
новыми умолчаниями количество проблем рискует увеличиться