в настрйоках комментариев есть выбор типа комментариев - threaded (с отступами по каждому ответу) и flat (все в одну колонку).
но вывод всегда можно сменить средствами CSS.
Так что для начала надо выбрать режим для комментариев - threaded, а потом посмотреть CSS для (X)HTML кода и сделать в нем для вложенных комментариев отступы через margin-left: xxx, например.