Не знаю как другие обновляют работающий сайт, а я обычно перевожу его в оффлайн режим, затем заливаю все файлы кроме settings.php (где настройки конкретного сайта) и запускаю upgrade.php.

Вроде пока без проблем.

Так что присоеденяюсь к вопросу.